Οι εκκινητές PCR της γρίπης CDC ταιριάζουν με το ανθρώπινο DNA σε όλο το γονιδίωμα: Νέα δεδομένα BLAST

27 Δεκ
0

Οι εκκινητές PCR της γρίπης CDC ταιριάζουν με το ανθρώπινο DNA σε όλο το γονιδίωμα: Νέα δεδομένα BLAST

Ανιχνεύουμε ιούς ή τον εαυτό μας;

H «Πολλαπλή δοκιμ;h γρίπης SARS-CoV-2 (Flu SC2) του CDC» είναι μια εργαστηριακή δοκιμή αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης αντίστροφης μεταγραφής (rRT-PCR) σε πραγματικό χρόνο που χρησιμοποιείται για την ανίχνευση της γρίπης Α, της γρίπης Β και του SARS-CoV-2 σε δείγματα ανώτερου ή κατώτερου αναπνευστικού.

Οι κύριες υγειονομικές αρχές χρησιμοποιούν τεστ PCR για να ποσοτικοποιήσουν πόσα κρούσματα μόλυνσης υπάρχουν.

Οι αριθμοί κρουσμάτων χρησιμοποιούνται για την κήρυξη πανδημιών και την αιτιολόγηση μέτρων αντιμετώπισης της πανδημίας, όπως lockdown, μάσκα, κοινωνική απόσταση και εκστρατείες εμβολιασμού.

Τι γίνεται όμως αν αυτά τα τεστ δεν ανιχνεύουν ιούς;

Τι γίνεται αν ανιχνεύουν ανθρώπινο DNA;

Αυτό θα σήμαινε ότι η κύρια αιτιολόγηση για τις κηρύξεις πανδημίας βασίζεται σε σήματα που μπορεί να μην αντιπροσωπεύουν καθόλου ιογενή λοίμωξη, αλλά ενισχυμένα θραύσματα του ανθρώπινου γονιδιώματος – θέτοντας υπό αμφισβήτηση την επιστημονική βάση για τον αριθμό των κρουσμάτων, τις εξουσίες έκτακτης ανάγκης και κάθε απόφαση πολιτικής κατάντη που συνδέεται με αυτές.

Ο έλεγχος του τεστ PCR είναι δικαιολογημένος, δεδομένης της μεγάλης πιθανότητας μιας εισερχόμενης πανδημίας γρίπης των πτηνών και του διεθνούς συντονισμού που τεκμηριώνεται σε αυτόν τον ιστότοπο.

Μια νέα ανάλυση BLAST της πολλαπλής δοκιμής γρίπης SARS-CoV-2 (Flu SC2) του CDC αποκαλύπτει ότι κάθε παραλλαγή του μπροστινού εκκινητή της γρίπης Α, του αντίστροφου εκκινητή (σε όλες τις αναλύσεις ασάφειας) και του ανιχνευτή παράγει ανεξάρτητα δεκάδες έως πάνω από 100 σημαντικές μερικές αντιστοιχίσεις – συχνά τέλειες σε τμήματα πυρήνα 15-18 bp – διάσπαρτες σχεδόν σε κάθε ανθρώπινο χρωμόσωμα, καθιερώνοντας ευρεία ανθρώπινη γονιδιωματική ομολογία.

Τεστ PCR γρίπης του CDC

Ένα θετικό αποτέλεσμα δοκιμής PCR απαιτεί γενετικό υλικό στο δείγμα να ταιριάζει με τρεις γενετικές αλληλουχίες: μια αλληλουχία μπροστινού εκκινητή, μια αλληλουχία αντίστροφου εκκινητή και μια αλληλουχία ανιχνευτή στόχου.

(Ενώ αυτές οι συνδέσεις πρέπει να ευθυγραμμίζονται με τον σωστό προσανατολισμό, απόσταση και συνδυασμό για να παράγουν ένα ανιχνεύσιμο αμπλικόνιο και φθορίζον σήμα υπό τις συγκεκριμένες συνθήκες της δοκιμής, το τρέχον έργο εστιάζει μόνο στη γενετική ευθυγράμμιση μεταξύ των εκκινητών/ανιχνευτών δοκιμής PCR και του ανθρώπινου γονιδιώματος.)

Τα Κέντρα Ελέγχου και Πρόληψης Νοσημάτων των ΗΠΑ (CDC) μοιράζονται τις αλληλουχίες εκκινητή και ανιχνευτή για την «Πολλαπλή δοκιμασία γρίπης SARS-CoV-2 (Flu SC2)», που φαίνεται παρακάτω με κόκκινα πλαίσια που υποδεικνύουν τον μπροστινό εκκινητή της γρίπης Α, τον αντίστροφο εκκινητή και τον καθετήρα.

Μπορείτε να δείτε στο παραπάνω στιγμιότυπο οθόνης ότι τμήματα των εμπρόσθιων και αντίστροφων εκκινητών έχουν “Y” και “V” σε ορισμένα σημεία αντί για τα τυπικά νουκλεοτιδικά γράμματα A, C, G ή T για το DNA.

Τα Y και V είναι κωδικοί ασάφειας IUPAC που επιτρέπουν στους εκκινητές να συνδέονται με περισσότερες από μία πιθανές γενετικές αλληλουχίες σε ένα δείγμα, αυξάνοντας σημαντικά το εύρος των αλληλουχιών DNA στις οποίες μπορούν να συνδεθούν οι εκκινητές.

Αυτό δημιουργεί περισσότερες διαδρομές για την επίτευξη θετικού αποτελέσματος PCR.

Επιπλέον, οι εκκινητές μπορούν να συνδεθούν με το δείγμα DNA ακόμη και όταν οι αλληλουχίες δεν ταιριάζουν τέλεια, πολλαπλασιάζοντας και πάλι τον αριθμό των διαδρομών προς ένα θετικό αποτέλεσμα PCR.

Το Y μπορεί να είναι C ή T.

Το V μπορεί να είναι A, C ή G.

Δοκιμάσαμε κάθε παραλλαγή παρακάτω.

Αποτελέσματα BLAST

Χρησιμοποιώντας το κυβερνητικό λογισμικό BLAST (Basic Local Alignment Search Tool), δοκιμάσαμε εάν κάποια από αυτές τις τρεις αλληλουχίες PCR που χρησιμοποιούνται για την καταμέτρηση των λοιμώξεων από γρίπη Α ταιριάζει με οποιεσδήποτε αλληλουχίες ανθρώπινου γονιδιώματος.

 

Αποτελέσματα Forward Primer

 

Υ = Γ

Όταν αντικαταστήσαμε τον κωδικό ασάφειας του μπροστινού εκκινητή Υ του CDC για το C, τα αποτελέσματα αποκαλύπτουν ότι η αλληλουχία του μπροστινού εκκινητή παράγει πολυάριθμες σημαντικές ευθυγραμμίσεις που κατανέμονται σχεδόν σε κάθε ανθρώπινο χρωμόσωμα, συμπεριλαμβανομένων των χρωμοσωμάτων 1 έως 12, 14 έως 21, Χ και αρκετών εναλλακτικών ικριωμάτων τόπου και γονιδιωματικών μπαλωμάτων.

Οι αντιστοιχίσεις με την υψηλότερη βαθμολογία επιτυγχάνουν βαθμολογίες 32,8 bit με 95–100% ταυτότητα και τιμές Ε 2,4, κυρίως στα χρωμοσώματα 5 και 10, ενώ οι περισσότερες άλλες στοιχίσεις δείχνουν 94–100% ταυτότητα σε 15–23 βάσεις, με πολλά μικρότερα τμήματα να ταιριάζουν τέλεια.

Συνολικά, εντοπίστηκαν περισσότερες από 100 σημαντικές επιτυχίες σε όλο το γονιδίωμα.

Αυτά τα ευρήματα υποδεικνύουν ότι ο μπροστινός εκκινητής (όταν Y=C) δεν είναι μοναδικός σε έναν μόνο τόπο, αλλά αντιστοιχεί σε ένα κοινό μοτίβο ή μια πολύ παρόμοια επαναλαμβανόμενη αλληλουχία που υπάρχει σε πολλές περιοχές σε όλο το ανθρώπινο γονιδίωμα.

Υ = Τ

Όταν αντικαταστήσαμε τον κωδικό ασάφειας του μπροστινού εκκινητή Υ του CDC για το T, τα αποτελέσματα αποκαλύπτουν ότι η αλληλουχία εκκινητή παράγει πολυάριθμες σημαντικές ευθυγραμμίσεις που κατανέμονται στα περισσότερα ανθρώπινα χρωμοσώματα, συμπεριλαμβανομένων των χρωμοσωμάτων 1 έως 13, 15 έως 20, Χ και πολλών γονιδιωματικών μπαλωμάτων ή ικριωμάτων.

Η αντιστοίχιση με την υψηλότερη βαθμολογία επιτυγχάνει βαθμολογία 36,5 bit με 95,45% ταυτότητα και τιμή E 0,20 στο χρωμόσωμα 20, ενώ οι περισσότερες άλλες στοιχίσεις δείχνουν 90-100% ταυτότητα σε 15-23 βάσεις, με πολλά μικρότερα τμήματα να ταιριάζουν σχεδόν τέλεια.

Συνολικά, δεκάδες σημαντικές επιτυχίες εντοπίστηκαν σε όλο το γονιδίωμα, με πολλαπλές περιοχές αντιστοίχισης ανά χρωμόσωμα (π.χ. έως 8 στο χρωμόσωμα 1).

Αυτά τα ευρήματα υποδεικνύουν ότι η αλληλουχία του μπροστινού εκκινητή (όταν Y=T) δεν είναι μοναδική σε έναν μόνο τόπο, αλλά αντιστοιχεί σε ένα κοινό μοτίβο ή ένα πολύ παρόμοιο επαναλαμβανόμενο στοιχείο που υπάρχει σε διάφορες περιοχές σε όλο το ανθρώπινο γονιδίωμα.

Αφήστε μια απάντηση

Η ηλ. διεύθυνση σας δεν δημοσιεύεται.

Leave the field below empty!