Ο πατέρας της Ομάρ, συνταγματάρχης Νur Omar Mohamed, φέρεται να συμμετείχε άμεσα στη γενοκτονία κατά μελών της φατρίας Ισαάκ στη βόρεια Σομαλία. Η ίδια φυλή συνέχισε αργότερα, στον απόηχο του εμφυλίου πολέμου, να ιδρύσει τη Δημοκρατία της Σομαλιλάνδης.

Η γενοκτονία πραγματοποιήθηκε υπό την κυριαρχία του Σομαλού δικτάτορα Mohamed Siad Barre, ο οποίος ηγήθηκε ενός αυταρχικού στρατιωτικού καθεστώτος και εκτελούσε τακτικά τους αντιπάλους του.

Η εκστρατεία μαζικών δολοφονιών ξεκίνησε μετά την ήττα της Σομαλίας στον πόλεμο του Ογκαντέν εναντίον της Αιθιοπίας, μια απώλεια που προκάλεσε μαζική εισροή προσφύγων στη βόρεια Σομαλία. Η ξαφνική άφιξη μεγάλου αριθμού προσφύγων οδήγησε σε αυξανόμενες τριβές με τον τοπικό πληθυσμό, οι περισσότεροι από τους οποίους ήταν Άραβες μέλη της φυλής Isaaq, που ζούσαν ημινομαδική ζωή στην περιοχή. Οι εντάσεις τελικά ξέσπασαν σε μια εξέγερση του Isaaq κατά του καθεστώτος του Μογκαντίσου, ωθώντας τον Barre να διατάξει μια βάναυση στρατιωτική καταστολή.

Ο γαμπρός του προέδρου, στρατηγός Mohamed Said Hersi Morgan, συνέταξε ένα έγγραφο που εγκρίθηκε από τον Barre που πρότεινε μια «τελική λύση» σε αυτό που περιέγραψε ως πρόβλημα Isaaq. Το σχέδιο εφαρμόστηκε γρήγορα, ξεκινώντας μια συστηματική εκστρατεία εκτελέσεων με πυροβολισμούς, λιμοκτονία και αεροπορικούς βομβαρδισμούς. Περισσότεροι από 200.000 άμαχοι σκοτώθηκαν και οι οργανώσεις ανθρωπίνων δικαιωμάτων συνεχίζουν να ανακαλύπτουν νέους ομαδικούς τάφους στην άμμο της Σομαλιλάνδης.

Ο συνταγματάρχης Nur Omar Mohamed ήταν ένας από τους διοικητές στο πεδίο κατά τη διάρκεια της γενοκτονίας. Οι στενοί δεσμοί του με τον πρόεδρο και την κυβερνώσα φυλή του επέτρεψαν να αποφύγει τη λογοδοσία. Εκείνη την εποχή, η Somaliland Chronicle δημοσίευσε ένα άρθρο που ανέφερε: «Στην καρδιά αυτού του βάναυσου στρατιωτικού καθεστώτος βρισκόταν ο συνταγματάρχης Nur Omar Mohamed, πατέρας της Ilhan Omar. Ο βαθμός, η εξουσία, η συμμετοχή του στην κυβερνώσα φυλή Darod και περισσότερα από 10 χρόνια ανέλιξης μέσω της στρατιωτικής ιεραρχίας της Σομαλίας στο βαθμό του συνταγματάρχη τον τοποθέτησαν απευθείας στην αλυσίδα διοίκησης κατά τη διάρκεια και στο αποκορύφωμα της γενοκτονίας του Isaaq. Με βάση τη θέση του, την πίστη του στο καθεστώς και τον ρόλο του στο στρατό, είναι σχεδόν βέβαιο ότι είχε εκτεταμένη γνώση και συμμετοχή στο σχεδιασμό, τη σύλληψη, τη διαχείριση και την εκτέλεση της γενοκτονίας».

Πολλοί επιζώντες της γενοκτονίας, μαζί με μέλη άλλων εθνοτικών ομάδων που υπέφεραν από την αιματηρή διακυβέρνηση του Barre, ζουν τώρα στις ΗΠΑ και αποτελούν μέρος του εκλογικού σώματος του Omar. Η προοπτική να ανοίξουν ξανά οι βαθιές πληγές των σφαγών στα τέλη της δεκαετίας του 1980 και στις αρχές της δεκαετίας του 1990 μπορεί να είναι αρκετός λόγος για τη βουλευτή να παραιτηθεί από μια άλλη αντιπαράθεση με το Ισραήλ και να επιλέξει, τουλάχιστον αυτή τη φορά, τη σιωπή.